IAIN Palopo awalnya adalah Fakultas Ushuluddin yang didirikan pada 27 Maret 1968 (berdasarkan SK Menteri Agama No. 168 Tahun 1968) dengan status Filial (cabang) dari IAIN Alauddin di Ujung Pandang. Fakultas Filial/Cabang tersebut dinaikkan statusnya menjadi Fakultas Madya dengan sebutan Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin di Palopo (berdasarkan SK Menteri Agama No. 65 Tahun 1982). Berdasarkan Keputusan Presiden No. 11 Tahun 1997 tanggal 21 Maret 1997, Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin di Palopo alih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Palopo. Pada tanggal 17 Oktober 2014Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Palopo diubah bentuknya menjadi Institut Agama Islam Negeri Palopo (Peraturan Presiden (PERPRES) Nomor 141 Tahun 2014).